Franz Moritz Wilhelm Marc wird am achten Februar 1880 als zweites Kind des Münchner Ehepaars Wilhelm Moritz Eduard Marc und Sophie Marc geboren. Sein Bruder Paul ist drei Jahre älter. Der Vater, ausgebildeter Jurist und Maler von Beruf, stammt aus einer oberbayerischen Beamtenfamilie. Marcs Mutter Sophie ist Französin, aber in der Schweiz aufgewachsen. Zu ihr hat er bis zu seinem Tod ein sehr enges Verhältnis.

Marc entschließt sich, zunächst Theologie, später Philosophie zu studieren. Nach einjährigem Wehrdienst 1900 begreift er aber, “daß [das Wehrdienstjahr] der einzige Weg für [ihn] war, um ohne Zweifel und zu große Qual zu [seinem] rechten Berufe zu gelangen. ... Jetzt aber [wisse er] gewiß, daß [er] das Richtige für [seine] Natur gefunden habe” .

Entgegen den Bedenken seines Vaters wird Franz Marc Schüler von Wilhelm von Diez und Gabriel Hackl an der Münchner Akademie. Er lernt schnell, hat wenige Kontakte zu seinen “Collegen”, welche immer erzählen von ihren früheren Taten und daß sie jetzt nichts mehr könnten und faul geworden seien” . Ab 1902 reist Marc zum malen häufig auf die Staffelalm bei Kochel.